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Aspects temporel et spatial dans des systèmes de régulation génétique
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Cournac, Alexandre |
| Copyright Year | 2009 |
| Abstract | Cette these s'interesse a plusieurs aspects concernant la regulation genetique sur les plans theorique et experimental. Un premier travail theorique qui s'inscrit dans le cadre de la modelisation des systemes biologiques se propose de trouver des reseaux de regulation simples qui puissent repondre de maniere optimale lorsqu'ils sont soumis a une stimulation periodique. Le reseau appele ``Incoherent Feed Forward Loop'' s'est avere presenter la propriete interessante de laisser passer des trains de pulses au profil temporel particulier. Des extensions de ce motif (``Diamond'', ``Double Diamond''.) ont ete suggerees pouvant egalement presenter des proprietes interessantes pour traiter des signaux plus complexes. Un travail de revue et d'observations concernant les boucles d'ADN est ensuite presente. Apres avoir observe des points communs dans les systemes de boucle d'ADN deja connus, nous avons interroge les bases de donnees pour savoir quelles etaient les regions de regulation presentant les memes caracteristiques. Nous proposons une liste de plusieurs operons qui meriteraient une demarche experimentale pour la mise en evidence d'une boucle d'ADN. Un travail experimental de biologie moleculaire est ensuite presente. Il s'est attaque a tester une hypothese presente dans plusieurs travaux de bioinformatique ou de physique statistique. La question testee est la suivante: est-ce que des facteurs de transcription pourraient se lier a des sites de liaison appartenant non pas a la meme region de regulation d'un gene (comme dans le cas de l'operon lac) mais a des sites de liaison appartenant a des genes differents? Nous avons teste cette hypothese sur le systeme de regulation d'entree en virulence de la bacterie Erwinia chrysanthemi. Les experiences reproduites et realisees dans plusieurs conditions physiologiques differentes ont abouti a la conclusion que les regions de regulation supprimees ne semblent pas agir sur d'autres genes par le mecanisme de boucle d'ADN. Le dernier chapitre propose une methode experimentale pour rechercher de telles interactions de facon large dans un genome de bacterie. La methode est basee sur des techniques de biologie moleculaire couramment utilisees comme la mutagenese aleatoire ou l'alpha-complementation. Elle utilise le systeme enhancer du promoteur de glnA d'Escherichia coli et vise a trouver des interactions 3D significatives entre segments d'ADN au sein d'un genome de procaryote. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00472602/document |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
