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Etude d'un clade de rétrotransposons Copia : les GalEa, au sein des génomes eucaryotes
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Donnart, Tifenn |
| Copyright Year | 2015 |
| Abstract | Les elements transposables jouent un role majeur dans l'evolution des genomes eucaryotes. La connaissance de la distribution des elements transposables entre differentes especes au sein d'un meme taxon est une condition essentielle pour etudier leur dynamique et mieux comprendre leur role dans l'evolution des especes. Compte tenu de leur abondance, de leur diversite specifique et de milieu de vie, les crustaces sont un excellent modele pour etudier la genomique comparative des retrotransposons. C'est notamment chez les Galathees qu'a ete defini le clade GalEa des elements de la superfamille des Copia. Nous avons etudie la distribution de deux superfamilles de retrotransposons a LTR bien connus: les Gypsy et les Copia, au sein des crustaces. En combinant des PCRs avec amorces degenerees et des analyses in silico, nous avons identifie 35 familles de retrotransposons Copia et 46 familles de retrotransposons Gypsy dans respectivement 15 et 18 especes de crustaces (principalement des malacostraces : crabes, crevettes, krill.). Ces elements presentent une distribution et une diversite differentes au sein des crustaces. Les elements Gypsy apparaissent relativement frequents et diversifies dans toutes les especes. A l'inverse, les elements Copia semblent rares, donc difficilement detectables, et sont largement domines par les elements du clade GalEa. Ces resultats suggerent deux strategies differentes de dynamique pour les retrotransposons Gypsy (theorie de la Reine Rouge) et les retrotransposons GalEa ('domino days spreading' branching process). De plus, les elements GalEa presentent un grand succes evolutif en etant largement distribues dans de nombreuses branches de metazoaires. Ils sont aussi presents chez quelques algues rouges et nous en avons egalement detecte chez des Fungi. Profitant des nombreuses donnees genomiques disponibles, nous avons donc etudie la distribution des elements GalEa de Fungi, dans le but de comparer celle-ci aux resultats obtenus chez les crustaces. En fait, ils n'apparaissent qu'au sein d'un grand embranchement d'ascomycetes, les Pezizomycotina, et ils forment un groupe monophyletique au sein des GalEa. Enfin, chez les Fungi, les elements GalEa ne sont pas majoritaire parmi les retrotransposons Copia. Nous avons donc initie une nouvelle etude chez les mollusques, afin de definir si les resultats obtenus chez les crustaces sont une caracteristique des elements GalEa, des malacostraces ou des metazoaires. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01132413/document |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
