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Le génome du cacaoyer : du décodage de sa séquence jusqu'à l'étude des gènes impliqués dans des caractères agronomiques d'intérêt
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Argout, Xavier |
| Copyright Year | 2017 |
| Abstract | Depuis plusieurs annees, les programmes de recherche chez le cacaoyer ont mis l'accent sur l'etude des bases genetiques des caracteres agronomiques d'interet, notamment concernant la resistance aux maladies et la qualite des feves de cacao, qui representent deux attributs importants pour la cacaoculture et la production de chocolat. Ce travail presente, par l'exploration du transcriptome et du genome du cacaoyer, la constitution de ressources moleculaires et l'analyse des voies de biosynthese impliquees dans plusieurs de ces caracteres agronomiques d'interet. L'etude du transcriptome a permis l'identification de plusieurs dizaines de milliers de genes exprimes dans divers organes et pour differentes conditions environnementales et ont fourni de nombreux marqueurs moleculaires qui ont ete utilises pour realiser des cartes genetiques haute densite. Les informations apportees par ce travail ont permis d’engager le sequencage du genome de la variete Criollo du cacaoyer. Son analyse et son annotation ont apporte un ensemble d'informations biologiques cruciales, depuis le catalogue des genes et elements mobiles jusqu'aux aspects evolutifs qui a revele une structure du genome peu remanie par rapport a l'ancetre commun aux dicotyledones. Par la suite, les travaux que nous avons menes pour ameliorer la sequence complete ont conduit a une reduction considerable de la fragmentation chromosomique observee dans la premiere version. Par ailleurs 97% de la sequence assemblee et 99% des genes sont desormais ancres sur les chromosomes du cacaoyer. Pour commencer a exploiter cette nouvelle sequence du genome, nous avons conduit une etude QTL a partir d'une descendance entre Trinitario implantee en Guyane, permettant de localiser les regions genomiques impliquees dans la variation de la couleur des feves de cacao. En s'appuyant sur la version amelioree du genome du Criollo, nous avons identifie deux genes potentiellement impliques dans la voie de biosynthese des anthocyanines et flavonoides dans la principale region genomique concernee. Un des deux genes, situe proche du marqueur situe au pic du QTL et codant pour une chalcone synthase, semble etre un gene candidat prometteur. L'etude comparative de sa structure dans le genome du Criollo (a feve blanche) et du genome de l'Amelonado (a feve violette) a mis en evidence des differences structurales pouvant etre a l'origine d'une modification fonctionnelle. L'ensemble des resultats presentes dans ce travail de these apporte une connaissance et des outils varies qui peuvent etre exploites par de multiples approches integrees pour etudier la genetique du cacaoyer. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01585963/document |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
