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Étude du génome complet du virus de l'hépatite C par séquençage de nouvelle génération : mise au point et applications
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Trémeaux, Pauline |
| Copyright Year | 2015 |
| Abstract | Les antiviraux a action directe ont apporte des progres considerables au traitement de l'hepatite C, mais leur activite varie selon les genotypes et sous-types viraux. Un typage fiable et precis est donc indispensable, de meme que la detection des variants resistants. Une approche d'amplification du genome quasi-complet du virus de l'hepatite C par une PCR unique suivie d'un sequencage de nouvelle generation a ete developpee pour repondre a ces objectifs. Le taux de reussite de la RT-PCR etait de 73 % pour les genotypes classiques (1a, 1b, 3a, et 4a, n = 16/22) et 45 % pour les formes recombinantes RF_2k/1b (n = 5/11). Apres pyrosequencage puis assemblage de novo, les genomes quasi-complets ont pu etre obtenus pour 19/21 echantillons. L'analyse phylogenetique a confirme les genotypes et sous-types de tous les echantillons, incluant les recombinants. Cette souche, difficile a mettre en evidence, a ete identifiee retrospectivement chez dix patients en region Rhone-Alpes entre janvier et aout 2014. Tous types viraux confondus, des mutations de resistance ont ete detectees chez 7/13 patients naifs de traitement, dans les regions NS3 (n = 3) ou NS5A (n = 4). L'un d'eux a ensuite rechute apres un traitement par daclatasvir. La comparaison chez quatre patients des sequences virales pre- et post-traitement par sofosbuvir a montre l'apparition de certains variants, mais trop eloignes du site actif de NS5B pour etre responsables de la rechute. Bien que testee sur un nombre limite d'echantillons, et necessitant encore des ameliorations techniques, cette methode a montre son efficacite pour le typage comme pour la detection des variants resistants sur differents types viraux du VHC. |
| Starting Page | 116 |
| Ending Page | 116 |
| Page Count | 1 |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01315019/document |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
