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Développement de nouvelles stratégies analytiques pour la caractérisation moléculaire des états d'oxydation à l'échelle protéomique
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Shakir, Shakir |
| Copyright Year | 2015 |
| Abstract | L'analyse des modifications post-traductionnelles (PTMs) est une des contributions les plus importantes de la proteomique aux sciences du vivant. Malgre les progres importants des techniques separatives et de la spectrometrie de masse, la quantification des PTMs reste un defi analytique. Le nombre limite de PTMs identifiees robustement dans une recherche, la necessite d'enrichissement et l'estimation quantitative basee sur un seul peptide ne representent que les difficultes les plus evidentes. De plus, la quantification des PTMs doit toujours etre associee au profil d'expression de la proteine pour eviter les faux positifs.Nous avons developpe de nouvelles strategies analytiques de quantification des PTMs, en prenant en compte le niveau d'expression des proteines. Ces strategies ont ete appliquees a l'etude de l'oxydation des cysteines dans le cadre du stress oxydatif et de l'homeostasie redox.La strategie OcSILAC est une adaptation de la technique biotin switch au marquage metabolique des cultures cellulaires et a ete appliquee a un modele de levure n'exprimant pas la thioredoxine reductase. OcSILAC apporte des ameliorations techniques importantes et une innovation dans le traitement des donnees. Les resultats obtenus sont en accord avec le systeme redox de ce modele. OcSILAC a ensuite ete adaptee au fractionnement subcellulaire pour etendre la couverture du redoxome.Une deuxieme strategie, OxiTMT, a ete developpee en se basant sur des tandem mass tags specifiques de la cysteine. OxiTMT a ete employee a l'etude de cellules E. Coli soumises a un traitement oxydatif. OxiTMT offre l'avantage d'une large gamme d'applications qui peut s'etendre aux tissus et aux biopsies. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01299792/document |
| Alternate Webpage(s) | https://www.smbp.espci.fr/sites/www.smbp.espci.fr/IMG/pdf/manuscrit_shakir.pdf |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
