Loading...
Please wait, while we are loading the content...
Similar Documents
Détection de l'activité des éléments transposables chez les plantes cultivées : étude du mobilome par la caractérisation du compartiment extrachromosomique
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Lanciano, Sophie |
| Copyright Year | 2017 |
| Abstract | Les elements transposables (ET) sont des elements genetiques ubiquitaires et potentiellement mobiles dans les genomes eucaryotes. Les genomes hotes ont developpe des mecanismes epigenetiques pour controler et prevenir la proliferation des ET. Neanmoins, certains ET semblent capables de s’activer en reponses a des stress ou a des facteurs developpementaux. Les methodes disponibles pour detecter l’activite transpositionnelle d’un ET sont souvent limitees au stade transcriptionnel ou sont adaptees a des genomes de petite taille. Relativement peu d’ET sont actuellement connus pour etre actifs et les mecanismes specifiques qui les controlent ne sont pas clairement identifies.Durant mes travaux de these, nous avons developpe une strategie de sequencage a haut debit qui permet la detection d’ADN extrachromosomique circulaire (ADNecc) temoignant notamment de l’activite des ET et de la stabilite d’un genome. Ainsi nous avons pu caracteriser chez plusieurs especes le mobilome, defini comme l’ensemble des ADNecc presents dans un tissu.La technique du mobilome-seq s’est averee etre un outil puissant pour la detection des ET actifs notamment chez le riz asiatique Oryza sativa. Notre analyse du mobilome a permis l’identification d’un retrotransposon PopRice actif dans l’albumen (tissu nourricier du grain) chez differentes varietes de riz. Pour la premiere fois chez les plantes, nous avons egalement detecte des insertions somatiques d’ET par re-sequencage de genome entier. A partir de nos resultats, nous avons combine nos donnees mobilomiques avec une analyse GWAS pour proposer des pistes afin d’identifier de nouveaux mecanismes de regulation de cet element.En parallele, nous avons applique la technique du mobilome-seq a differents organismes animaux et vegetaux revelant ainsi des specificites de mobilome propre a chaque espece. Nos travaux en collaboration avec d’autres equipes ont notamment contribue a preciser le role de l’ARN polymerase II dans le controle des ET chez O. sativa et a mettre en evidence le lien entre la presence d’ADNecc viral et la reponse immunitaire chez Drosophila melanogaster.Mes travaux de these ouvrent des perspectives pour l’etude du mobilome, ce repertoire genomique encore largement inexplore et qui se revele etre a la fois une source d’information au niveau des mouvements des ET mais aussi de la stabilite des genomes. L’etude future des mobilomes promet d’apporter des reponses sur notre comprehension de la dynamique des genomes. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01707480/document |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01707480/file/2017_LANCIANO_archivage.pdf |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
