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Stochasticité dans la réponse d'individus bactériens à une perturbation : étude dynamique
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Grac, Edith |
| Copyright Year | 2012 |
| Abstract | Nous nous proposons d'etudier la gestion du bruit stochastique d'expression genique. On s'interesse plus particulierement a la dynamique du bruit lors de la reponse cellulaire. Comment evolue le bruit? Quels sont les mecanismes en jeux? Quelle est l'importance du bruit dans le fonctionnement cellulaire? Pour repondre a ces questions, nous nous appuyons sur le reseau de regulation genetique qui gere la reponse au stress nutritionnel chez E. Coli. L'etude du comportement dynamique de ce reseau, au niveau d'une population de bacteries, a ete initiee et est portee par la forte collaboration de deux equipes de la region : une de bio-informaticiens (l'equipe de Hidde de Jong de l'INRIA Rhone-Alpes) et la deuxieme de biologistes (l'equipe de Hans Geiselmann, Laboratoire d'Adaptation et Pathogenie des Micro-organismes). En profitant donc de l'experience et de la comprehension acquise par ces equipes, nous etudions les reponses individuelles de chaque bacterie lors de la transition entre etat de stress nutritionnel, et etat de croissance exponentielle. Le bruit d'expression genique est quantifie dans des nœuds cles du reseau de regulation. Pour ce faire, les bacteries sont suivies individuellement par microscopie de fluorescence sur plusieurs generations. Les donnees de fluorescence collectees sur cellules uniques permettent d'etudier la variabilite inter-cellulaire. Cette variabilite est quantifiee tout le long de la reponse: a chaque instant, on connait la distribution des densites de fluorescence cellulaire dans la population de cellules. Et le suivi des lignees individuelles permet de travailler sur une population de cellules saines: les individus malades ou morts qui ne se divisent pas, sont ecartes. En reduisant ainsi les phenomenes cellulaires en jeux, on reduit le nombre de parametres. Les sources de bruit sont moins nombreuses, et il est plus facile de comprendre les mecanismes en jeux. Les informations de lignage cellulaire permettent aussi d'etudier la variabilite introduite par la phase du cycle cellulaire: les evenements de division cellulaire peut etre artificiellement synchronises. Le bruit est alors etudie sur une population en phase lors de la division. Cette etude montre que le bruit sonde n'est pas domine par les differences dans la phase du cycle cellulaire. On peut donc modeliser nos cellules sans tenir compte des differences introduites par le cycle cellulaire. Le modele teste est simplifie aux etapes de transcription-traduction-maturation. Les parametres du modele sont inferes de nos donnees experimentales, et le modele est teste a travers des simulations. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00728293/document |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
