Exploration du polymorphisme moléculaire et protéique de la tomate pour l’identification de QTL de qualité du fruit

Content Provider	Semantic Scholar
Author	Xu, Jiaxin
Copyright Year	2012
Abstract	L’amelioration de la qualite du fruit de tomate depend largement de la variation genetique. A la suite de la domestication et de la selection moderne, la diversite moleculaire chez la tomate a ete profondement reduite, limitant les possibilites d’amelioration. De nouveaux marqueurs moleculaires revelant les polymorphismes nucleotidiques (SNP) constituent des outils precieux pour saturer les cartes genetiques et identifier des QTL (quantitative trait loci) et des associations chez une espece peu polymorphe comme la tomate. Les objectifs de cette etude etaient de caracteriser la diversite genetique de la tomate au niveau moleculaire et de tenter d’identifier des QTL, des genes et des proteines responsables de la variation de caracteres de qualite du fruit. Pour cela, trois etudes independantes ont conduit a (1) la decouverte de nouveaux marqueurs SNP, (2) leur utilisation en genetique d’association et (3) l’analyse de la diversite du proteome en relation avec des caracteres physiologiques du fruit.Dans la premiere etude, nous avons compare deux plateformes de resequencage pour resequencer des zones ciblees couvrant environ 0.2% du genome de deux accessions contrastees. Plus de 3000 SNP sont ete identifies. Nous avons ensuite valide 64 SNPs en developpant des marqueurs CAPS. Nous avons ainsi montre l’interet des techniques de resequencage pour la decouverte de SNP chez la tomate et produit des marqueurs simples qui peuvent etre utiles pour caracteriser de nouvelles ressources.Nous avons ensuite developpe un ensemble de 192 SNPs et genotype une collection de 188 accessions comportant des accessions cultivees, des types “cerise” et des formes sauvages apparentees et recherche des associations avec 10 caracteres de qualite du fruit. Une quarantaine d’associations a ete detectee dans des regions ou des QTL avaient ete prealablement identifies. D’autres associations ont ete identifiees dans de nouvelles regions. Nous avons ainsi confirme le potentiel de la genetique d’association pour la decouverte de QTL chez la tomate. Finalement une approche combinant l’analyse du proteome, du metabolome et de traits phenotypiques a ete mise en oeuvre pour etudier la variabilite naturelle de la qualite du fruit de huit lignees contrastees et de quatre de leurs hybrides, a deux stades de developpement (expansion cellulaire et orange-rouge). Nous avons identifie 424 spots proteiques variables en combinant electrophorese bidimensionnelle et nano LC MS/MS et construit une carte de reference du proteome de fruit de tomate. En parallele, nous avons mesure la variation de teneurs en 34 metabolites, les activites de 26 enzymes et cinq caracteres phenotypiques. La variabilite genetique et les modes d’heredite ont ete decrits. L’integration des donnees a ete realisee par construction de reseaux de correlations et regression sPLS. Plusieurs associations ont ete detectees intra et inter niveau d’expression, permettant une meilleure comprehension de la variation de la qualite des fruits de tomate
File Format	PDF HTM / HTML
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Language	English
Access Restriction	Open
Content Type	Text
Resource Type	Article