Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia : [n.142]

Content Provider	Semantic Scholar
Author	Yuyama, Priscilla Mary Pot, David Dereeper, Alexis Pointet, Stéphanie Silva, João Batista Gonçalves Dias Da Sera, Gustavo Hiroshi Sera, Tumoru Charmetant, Pierre Domingues, Douglas Silva Leroy, Thierry Pereira, Luiz Filipe Protasio
Copyright Year	2013
Abstract	Os marcadores moleculares sao ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma especie perene, o uso de marcadores e particularmente desejavel devido ao tempo e recursos gastos para o lancamento de uma nova cultivar. Duas especies do genero Coffea sao responsaveis por quase toda a producao de cafe: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o numero de marcadores polimorficos e relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a especie apresenta baixa diversidade genetica. Muitos estudos com marcadores geneticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados nao foram eficientes para a discriminacao genotipica detalhada e mapeamento genetico. O Instituto Agronomico do Parana (IAPAR) possui uma colecao de 132 acessos de C. arabica originarios da Etiopia, que apresentam variabilidade fenotipica com potencial para serem utilizados para exploracao da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotidica pela identificacao de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma populacao do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geracao. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genotipos de C. arabica de uma populacao da Etiopia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica - C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequencias foram mapeadas em uma referencia de C. canephora para identificacao dos polimorfismos. Foram feitas duas estrategias: i) na primeira estrategia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com criterios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estrategia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de deteccao dos polimorfismos. Os resultados identificaram um numero grande de polimorfismos. Na primeira estrategia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa ultima, ainda e necessario estabelecer criterios e filtros para escolher os polimorfismos que serao inicialmente genotipados. Os dados tambem mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genotipos associado com o sequenciamento de nova geracao para deteccao de SNPs. Este trabalho sera importante para direcionar futuros trabalhos na caracterizacao da diversidade genetica em C. arabica, alem de estudos de mapeamento genetico por associacao. (Resume d'auteur)
File Format	PDF HTM / HTML
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Language	English
Access Restriction	Open
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Resource Type	Article