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Apports de l’analyse de l’ADN environnemental et de la génomique du paysage pour la conservation des requins de récif
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Boussarie, Germain |
| Copyright Year | 2019 |
| Abstract | Les requins forment un des groupes de predateurs les plus diversifies, jouant des roles importants au sein des ecosystemes marins. Ils forment egalement l’un des groupes les plus menaces car vulnerables aux pressions anthropiques du fait de leurs traits de vie particuliers. Malgre l’importance des ressources deployees pour le suivi des populations de requins, 41 % des 482 especes recensees dans la Liste Rouge de l’UICN n’ont pas de statut de conservation par manque de donnees. Il devient donc primordial d’ameliorer les connaissances sur ces especes afin de les proteger et enrayer leur declin. Il s’agit notamment de mieux caracteriser la presence, la structure et la connectivite des populations de requins pour mieux definir leur statut UICN, les zones prioritaires de gestion et optimiser les efforts de conservation mis en place. Cette these s’appuie sur l’emergence de nouvelles technologies pour combler les lacunes de connaissances sur les requins des recifs coralliens tropicaux et proposer des actions de gestion. D’une part, une methode d’analyse des communautes de requins par collecte et sequencage d’ADN present dans l’environnement (metabarcoding d’ADN environnemental ; ADNe) a ete developpee au cours de cette these, puis mise en parallele avec des suivis exhaustifs par des methodes traditionnelles d’etude des populations de requins. Cette approche rapide et non-invasive a permis d’identifier 21 especes de requins dans les eaux de deux domaines biogeographiques distincts (Caraibes et Nouvelle-Caledonie). De plus, les patrons de diversite et d’abondance des fragments d’ADNe detectes coincident avec les gradients de pression anthropique et les niveaux de protection des zones echantillonnees. L’analyse de 22 echantillons d’ADNe dans l’archipel de la Nouvelle-Caledonie a permis de deceler la presence de plus d’especes que par 2 758 plongees scientifiques reparties sur presque 30 ans et 385 cameras appâtees deployees pendant deux ans, et ce, a la fois proche de l’homme et dans les recifs eloignes. D’autre part, la structure et connectivite des populations d’une espece plus commune, Carcharhinus amblyrhynchos, ont ete caracterisees par une approche de genomique du paysage. Cette these s’appuie sur un echantillonnage genetique consequent en Nouvelle-Caledonie et dans plusieurs autres sites de l’Indo-Pacifique (515 requins). Une approche d’isolement par la resistance via la theorie des circuits a ete developpee afin de caracteriser les parametres influencant la dispersion de cette espece. Ainsi, il a ete montre que les zones de forte bathymetrie constituent une forte barriere a la dispersion tandis que la proximite a l’habitat recifal en est un facilitateur. La modelisation de la differenciation genetique a haute resolution et a l’echelle de l’aire de repartition de cette espece (Indo-Pacifique) a permis de definir des unites de conservation hierarchiques et un nombre important de sites isoles. Enfin, une approche integrant le declin des abondances dans les zones anthropisees a montre une fragmentation des populations de C. amblyrhynchos et a permis d’identifier certains recifs eloignes de l’homme comme refuges mais aussi sources pour un repeuplement eventuel des recifs ou les populations sont menacees. Cette these demontre ainsi le potentiel de l’analyse de l’ADNe pour devoiler la presence d’especes rares et furtives telles que les requins, donnant espoir pour combler les lacunes dans leurs statuts de conservation UICN. Elle revele egalement la persistance des populations residuelles en milieu anthropise, qui pourraient eventuellement montrer des alterations comportementales comme l’utilisation d’habitats plus profonds ou une nocturnalite plus importante. Elle decrit enfin non seulement la structure fine a grande echelle des populations d’une espece quasi-menacee, mais identifie egalement des unites de conservation et des zones prioritaires a proteger pour une spatialisation des mesures de gestion a differentes echelles. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02494204/file/2019_BOUSSARIE_archivage.pdf |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |
