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Méthodes et outils logiciels pour la conception de sondes oligonucléotidiques pour puces à ADN. Applications aux biopuces transcriptomiques et aux biopuces de type phylogénétique
| Content Provider | Semantic Scholar |
|---|---|
| Author | Rimour, Sébastien |
| Copyright Year | 2006 |
| Abstract | Nous abordons le probleme de la conception de sondes oligonucleotidiques pour puces a ADN en proposant des solutions sur le plan informatique, mais aussi sur le plan biologique, avec la validation experimentale de nos methodes. Nous presentons une nouvelle approche qui combine une forte specificite des sondes avec une bonne sensibilite. Sur le plan du Genie Logiciel, nous menons une reflexion sur la reutisabilite des composants logiciels dans le domaine des puces a ADN, qui nous amene a proposer une " Platform Independant Model" pour la conception de sondes, conformement a la demarche de developpement " Model Driven Architecture" propose par l'Object Management Group. Deux logiciels ont ete developpes : le premier implemente notre nouvelle approche, le second permet la determination de sondes specifiques de micro-organismes pour des puces ciblant l'ARNr 16S. Ce dernier a ete parallelise et deploye sur une architecture de type cluster de calcul. |
| File Format | PDF HTM / HTML |
| Alternate Webpage(s) | https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00703396/document |
| Language | English |
| Access Restriction | Open |
| Content Type | Text |
| Resource Type | Article |