NDLI: Analyse bioinformatique des événements de transferts horizontaux entre espèces de drosophiles et lien avec la régulation des éléments transposables

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Analyse bioinformatique des événements de transferts horizontaux entre espèces de drosophiles et lien avec la régulation des éléments transposables

Content Provider	Semantic Scholar
Author	Modolo, Laurent
Copyright Year	2014
Abstract	Les elements transposable (ET) sont des sequences d'ADN qui ont la capacite de se deplacer au sein des genomes. Pour contrebalancer les effets negatifs lies a l'activite des ET, il existe chez leurs hotes des mecanismes regulant l'activite de transposition. Une fois qu'un ET est regule, l'accumulation progressive de mutations dans sa sequence conduit fatalement a la perte definitive de son activite de transposition. J'ai cherche au cours de cette these a mieux comprendre le succes et le maintien de ces sequences repetees, avec d'une part l'etude des transferts horizontaux (TH) d'ET, un moyen d'echapper aux mecanismes de regulation , et d'autre part l'etude de leur regulation. Dans la premiere partie de ma these, je me suis interesse a l'etude des TH entre deux especes proches de drosophiles. Dans cette etude, j'ai developpe une nouvelle methode bioinformatique permettant la detection de sequences transferees horizontalement entre deux genomes eucaryotes qui m'a permis detecter de nombreux TH d'ET. Ce travail m'a aussi conduit a developpe une nouvelle methode de controle du taux de faux positifs moyen applicable aux tests multiples unilateraux. Dans la deuxieme partie de ma these, j'ai etudie la regulation des ET par la voie des petits ARN, un mecanisme de l'ARN interference. Dans cette etude, j'ai analyse des donnees de sequencage de petits ARN, ainsi que d'ARN totaux issues de differentes populations de D. simulans. Ce travail a conduit au developpement d'un pipeline d'analyse permettant d'etudier des differences d'expression entre des sequences repetees ainsi que d'une nouvelle procedure de controle qualite de ce type de donnee
File Format	PDF HTM / HTML
Alternate Webpage(s)	https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01167124/document
Language	English
Access Restriction	Open
Content Type	Text
Resource Type	Article

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