[Extraction and isolation of histones from paraffin-embedded tissues and quantitative analysis of post-translational modifications].

Content Provider	Europe PMC
Author	TIAN, Shanshan LIU, Ranran QIAN, Xiaolong GUO, Xiaojing ZHANG, Kai
Copyright Year	2021
Abstract	组蛋白翻译后修饰(HPTMs)参与基因转录调控,其异常与肿瘤等重大疾病的发生发展密切相关。石蜡包埋组织是当前疾病研究的重要样本资源,对肿瘤机制和标志物研究具有重要意义。目前基于质谱的蛋白质组学技术已成为HPTMs分析的有力工具,而针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样品的HPTMs分析还十分有限。该研究发展了一种基于高效液相色谱-串联质谱的FFPE组织样本HPTMs分离分析新方法。通过研究并优化组蛋白的提取策略,建立了FFPE组织样本脱蜡水化处理、蛋白质提取与聚丙烯酰胺凝胶电泳分离相结合的组蛋白提取和分离方法。通过研究FFPE切片数量、组蛋白化学衍生化方法等对组蛋白鉴定的影响,确定了组蛋白处理的具体步骤。通过HPLC分离结合非依赖性采集模式的质谱分析,鉴定了组蛋白修饰的类型、位点和丰度。最后,将优化的实验方法应用于FFPE临床样本的HPTMs分析,鉴定了2例人乳腺浸润性癌和癌旁正常组织的HPTMs图谱,均获得了100种以上的不同组蛋白修饰形式的多肽。定量分析了他们的差异性水平,通过主成分降维分析,发现浸润性癌和癌旁正常组织之间组蛋白修饰丰度存在明显的差异,且差异性具有一定的规律,特别是涉及转录调控的组蛋白修饰与乳腺癌的预后和治疗靶点具有相关性,进而探讨了乳腺癌中异常HPTMs的生物学意义。该研究对临床石蜡样本中组蛋白修饰的分离分析以及肿瘤表观遗传标志物的检测进行了有益的探索。
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ISSN	10008713
Journal	Chinese Journal of Chromatography [Se Pu]
Volume Number	39
PubMed Central reference number	PMC9404118
Issue Number	10
PubMed reference number	34505431
DOI	10.3724/sp.j.1123.2021.06018
Language	English
Publisher	Editorial board of Chinese Journal of Chromatography
Publisher Date	2021-10-01
Publisher Place	No. 457, Zhongshan Road, Shahekou District, Dalian City, Liaoning Province(116023)
Access Restriction	Open
Rights License	本文是开放获取文章，遵循CC BY 4.0协议
Subject Keyword	高效液相色谱-串联质谱 组蛋白翻译后修饰 临床组织样本 石蜡包埋 乳腺癌 high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (HPLC-MS/MS) histone post-translational modifications (HPTMs) clinical tissues paraffin-embedded breast cancer
Content Type	Text
Resource Type	Article
Subject	Organic Chemistry Analytical Chemistry Biochemistry Chemical Engineering Electrochemistry